R语言PLS-DA模型分析不同中医组别患者间差异指标数据可视化
PLS-DA (Partial Least Squares Discriminant Analysis) 是一种多变量统计分析方法，常用于处理具有多个预测变量和多个响应变量的数据（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。 相关视频 ...
R语言 PCA(主成分分析)，CA(对应分析)夫妻职业差异和马赛克图可视化
主成分分析法是数据挖掘中常用的一种降维算法,是Pearson在1901年提出的,再后来由hotelling在1933年加以发展提出的一种多变量的统计方法，其最主要的用途在于“降维”，通过析取主成分显出的最大的个别差异,也可以用来削减回归分析和聚类分析中变量的数目，与因子分析类似。 所谓降维，就是把具有相关性的变量数目减少，用较少的变量来取代原先变量。如果原始变量互相正交，即没有相关性，则...
R语言方差分析（ANOVA）学生参加辅导课考试成绩差异
方差分析是一种常见的统计模型，顾名思义，方差分析的目的是比较平均值。 为了说明该方法，让我们考虑以下样例，该样例为学生在硕士学位课程中的最终统计考试成绩（分数介于0到20之间）。这是我们的因变量 。“分组”变量将是学生参加辅导课的方式，采用“自愿参与”，“非自愿参与”的方式。最后是“不参与”（不参加或拒绝参加的学生）。为了形成组，我们有两个变量。第一个是学生的性别（“ F”和“ M”），...
R语言丨根据VCF文件设计引物，自动识别两样本差异SNP位点，调用samtools获取上下游参考序列，快速得到引物序列
根据变异位点设计引物序列今天碰到一个新问题：假如有一个vcf文件储存了两个样品的变异位点基因型数据，每行代表一个位点，我现在想找出两样本差异的SNP位点，再把差异位点用[REF/ALT]的形式表示，然后将其在参考基因组上下游100bp的序列找出来放在差异位点前后位置，得到一个序列文本，用于设计引物。解决思路如何判断差异SNP？通过循环判断两个样品的基因型信息实现，相同时为same，不同时为dif....
跟着NatureMetabolism学作图：R语言ggplot2转录组差异表达火山图
论文Independent phenotypic plasticity axes define distinct obesity sub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码，但是所有作图数据都公开了，我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天....
《R语言编程艺术》——3.5 向量与矩阵的差异
3.5 向量与矩阵的差异 在本章开始的时候，我说过矩阵就是一个向量，只是多了两个属性：行数和列数。这里，我们再深入说明这个问题。考虑以下例子： 因为z是向量，因此我们可以求它的长度： 换句话说，从面向对象编程的角度说，矩阵类（matrix class）是实际存在的。如第1章所说，R的大部分类都是S3类，用$符号就可访问其各组件。矩阵类有一个dim属性，是一个由矩阵的行数和列数组成的向量。本书第.....
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