HiChIP 数据分析: 差异 Loop 检测
差异 Loop 检测 为了识别由于热休克导致的染色质 3D 构象中的变异，我们将使用 R 包 diffloop 进行差异分析，该包实现了两种策略来评估可变 DNA Loop的显著性：负二项回归（来自 edgeR R 包）或加权 t 检验（来自 limma R 包）。 为了让 diffloop 正确执行统计分析，每个条件至少需要两个重复。diffloop 的输入文件是由 hichipper 生成的....
RNA-seq数据分析二：DESeq2 筛选差异基因
首先DESeq2在R-studio上的安装非常让人自闭，具体可参考徐洲更老师的R语言安装介绍https://www.bilibili.com/video/BV19p4y1i7Zb?from=search&seid=2717757288900359126，我认为最关键的问题是要用BioManager来安装，就像conda装软件也要写一个conda install -c bioconda X....
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