空间单细胞｜10x Visium数据分析、可视化与整合(3)
引言 本文介绍了使用Seurat分析具有空间分辨率的RNA测序数据的方法，重点在于将空间信息与分子数据相结合。将包括以下常见于空间数据分析的任务： 数据标准化 降维和数据聚类 发现空间变异性特征 与单细胞RNA测序数据的整合 处理多个样本切片 与单细胞数据融合 Visium检测的分辨率大约为50微米，这意味着每个检测点会覆盖多个细胞的表达信息。随着单细胞RNA测序数据的日益...
空间单细胞｜10x Visium数据分析、可视化与整合(2)
引言 本文介绍了使用Seurat分析具有空间分辨率的RNA测序数据的方法，重点在于将空间信息与分子数据相结合。将包括以下常见于空间数据分析的任务： 数据标准化 降维和数据聚类 发现空间变异性特征 与单细胞RNA测序数据的整合 处理多个样本切片 降维;聚类;可视化 然后，可以使用与 scRNA-seq 分析相同的工作流程，对 RNA 表达数据进行降维和聚类。 brain &...
空间单细胞｜10x Visium数据分析、可视化与整合(1)
引言 本文介绍了使用Seurat分析具有空间分辨率的RNA测序数据的方法，重点在于将空间信息与分子数据相结合。将包括以下常见于空间数据分析的任务： 数据标准化 降维和数据聚类 发现空间变异性特征 与单细胞RNA测序数据的整合 处理多个样本切片 首先，将加载Seurat及其所需的其他包以进行本教程的操作。 library(Seurat) library(SeuratData)...
空间单细胞｜基于图像的数据分析（3）
引言 在这篇指南中，我们介绍了Seurat的一个新扩展功能，用以分析新型的空间解析数据，将重点介绍由不同成像技术生成的三个公开数据集。 Vizgen MERSCOPE（用于小鼠大脑研究） Nanostring CosMx空间分子成像仪（用于FFPE人类肺组织） Akoya CODEX（用于人类淋巴结研究） 人肺：Nanostring CosMx Spatial Molecul...
空间单细胞｜基于图像的空间数据分析（2）
引言 在这篇指南中，我们介绍了Seurat的一个新扩展功能，用以分析新型的空间解析数据，将重点介绍由不同成像技术生成的三个公开数据集。 Vizgen MERSCOPE（用于小鼠大脑研究） Nanostring CosMx空间分子成像仪（用于FFPE人类肺组织） Akoya CODEX（用于人类淋巴结研究） 小鼠大脑：10x Genomics Xenium In Situ 在...
云隧道输出到用户ODPS空间的字段有哪些
app_id string comment以app_key@os的形式表示app_name string commentapp_id对应的app中文名称app_version string commentapp的应用版本号channel string comment应用分发渠道imei string...
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