HiChIP 数据分析: 差异 Loop 检测
差异 Loop 检测 为了识别由于热休克导致的染色质 3D 构象中的变异，我们将使用 R 包 diffloop 进行差异分析，该包实现了两种策略来评估可变 DNA Loop的显著性：负二项回归（来自 edgeR R 包）或加权 t 检验（来自 limma R 包）。 为了让 diffloop 正确执行统计分析，每个条件至少需要两个重复。diffloop 的输入文件是由 hichipper 生成的....
HiChIP 数据分析: 鉴定 Loops
鉴定HiChIP Loops 由于 HiChIP 实验流程中包含免疫沉淀步骤，因此可以把 loops 定义为被靶向蛋白结合的区间（即 anchor regions）之间的相互作用。 因此，这些区域应以存在 ChIP peak 为特征。hichipper 要求以 ChIP peaks 信息作为定义 anchors regions 的起点&#x...
HiChIP 数据分析: 过滤及Peak Calling
比对结果过滤 过滤步骤将配置文件和每个 mate 的最终合并 BAM 文件作为输入，并使用以下命令执行 reads 配对并将其分配到限制片段（-s proc_hic）： $HiC-Pro -c config-HiChIP.txt -i HiC_Pro/bowtie_results/bwt2 -o HiC_Pro -s proc_hic -s quality_checks 其中 -s quali.....
HiChIP 数据分析: 用HiC-Pro预处理原始数据
用HiC-Pro预处理原始数据 HiC-Pro 是用于处理 Hi-C 数据的 pipeline，它从测序 reads（FASTQ 文件）开始，执行多个步骤，如 alignment、filtering、binning 和 normalization。 最终输出文件是 raw 和 normalized contact matrices，以及关于输入数据质量的附加信息。 hichipper以 HiC.....
HiChIP 数据分析: 数据集介绍
数据集 在本文中，我们将分析 Lyu 等人 的数据集，该数据集包含来自人类胚胎干细胞（hESC）在不同“architectural proteins”于热休克处理前后的 HiChIP 数据。研究的目的在于评估染色质重排在转录响应温度胁迫中的作用。 尤其地，我们关注通过免疫沉淀获得的 Rad21 数据，Rad21 是 cohesin complex 的一部分，而 cohesin complex 在....
HiChIP 数据分析: 分析简介
摘要 HiChIP 是一种基于原位 Hi-C 的新型方法，用于分析染色质相互作用，它在流程中加入了一个免疫沉淀 (ChIP) 步骤，以研究由特定蛋白质驱动的染色质结构。该方法被证明非常高效，因为它能可靠地重现 Hi-C 结果，并且与其他基于 ChIP 的技术（如 ChIA-PET）相比，在所需输入细胞量更低的情况下，仍能提供更高比例的信息性读取。尽管 HiChIP 数据的预处理可以使用为其他 H....
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