使用机器学习和Python揭开DNA测序神秘面纱(一)
简介基因组是生物体中DNA的完整集合。所有生物物种都有一个基因组,但是它们的差异很大。例如,人类基因组被排列成23条染色体,这有点像百科全书被编辑成23卷。如果算上所有字符(单个DNA“碱基对”),每个人类基因组中将有超过60亿个字符。所以这是一个巨大的工程。人类基因组大约有60亿个字符。如果您认为基因组(完整的DNA序列)就像一本书,那就是一本由大约60亿个“ A”,“ C”,“ G”和“ T....
使用机器学习和Python揭开DNA测序神秘面纱(二)
顺序编码DNA序列在这种方法中,我们需要将每个碱基编码为序数值。例如,“ ATGC”变为[0.25、0.5、0.75、1.0]。任何其他字符(例如“ N”)都可以为0。因此,让我们创建一些函数,例如从序列字符串创建NumPy数组对象,以及带有DNA序列字母“ a”,“ c”,“ g”和“ t”的标签编码器,以及其他任何字符比如“n”的编码器。import numpy as npimport re....
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