R语言——AVOCADO“(异常植被变化检测)算法(1990-2015数据分析)监测森林干扰和再生(含GEE影像下载代码)

"AVOCADO"(异常植被变化检测)算法 AVOCADO"(异常植被变化检测)算法是一种连续的植被变化检测方法,也能捕捉植被再生。该算法基于 R 软件包 "npphen"(Chavez 等人,2017 年),开发用于监测物候变化,并经过调整,以半自动和连续的方式监测森林干扰和再生。该算法使用所有可...

R语言实现SMOTE与SMOGN算法解决不平衡数据的回归问题

R语言实现SMOTE与SMOGN算法解决不平衡数据的回归问题

  本文介绍基于R语言中的UBL包,读取.csv格式的Excel表格文件,实现SMOTE算法与SMOGN算法,对机器学习、深度学习回归中,训练数据集不平衡的情况加以解决的具体方法。  在之前的文章Python实现SMOGN算法解决不平衡数据的回归问题(https://blog.csdn.net/zh...

大数据之R语言速成与实战

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算法丨根据基因型VCF文件自动识别变异位点并生成序列fasta文件,基于R语言tidyverse

算法丨根据基因型VCF文件自动识别变异位点并生成序列fasta文件,基于R语言tidyverse

根据VCF文件生成序列fasta文件首先提出一个问题:假如有一个基因型VCF文件,里面包含了很多个样本在多个突变位点(snp和iad)的基因型数据,现在想根据这份原始数据,得到一个fasta序列文件,包含每个样品在这些位点的各自对应的序列信息,应该怎么做?解决思路与方法简...

SGAT丨快捷GWAS结果显著SNP位点归类提取与变异类型转化算法,基于R语言tidyverse

SGAT丨快捷GWAS结果显著SNP位点归类提取与变异类型转化算法,基于R语言tidyverse

GWAS结果归类提取与变异注释根据GWAS得到的Rresult文件信息,能够找出每个snp位点对应的显著性情况和基因变异信息,接下来,需要根据表格中的信息进行归纳总结,对不同显著性层次进行区分,找出可能性最大的点,过程比较繁琐。这里笔者分享一个算法,使统计SNP和变异类型变的更加简便快捷࿰...

SGAT丨基于R语言tidyverse的vcf转txt文件算法,SNP位点判断与自动校正,染色体格式替换

SGAT丨基于R语言tidyverse的vcf转txt文件算法,SNP位点判断与自动校正,染色体格式替换

算法:vcf转txt并自动规范化引言vcf文件是存放基因变异信息的一种方式,本文提供一种算法,用于读取vcf文件并转换等位基因展示方法、替换染色体展示格式、以及自动识别非唯一变异并进行修改,用于对变异信息进行整理。主要步骤与设计思路读取VCF文件并分为三部分储存提取变异信息并批量替换修改染色体格式S...

一种基于R语言tidyverse的算法:批量查找SNP位点连锁区内对应的QTL以及基因

一种基于R语言tidyverse的算法:批量查找SNP位点连锁区内对应的QTL以及基因

批量查找QTL以及基因如果已知SNP位点的物理位置和其LDblock区间的端点,想要快速找到该区间内的QTL,之后根据参考基因组找到与连锁区域存在交集的基因,最终得到与SNP和QTL相匹配的基因集。通常的做法是在Excel中先对每个SNP计算出相应区间,然后找到对应的QTL,然后打开全部基因的参考信...

高分SCI必备:使用R语言和机器学习算法解析心脏病中的变量重要性

高分SCI必备:使用R语言和机器学习算法解析心脏病中的变量重要性

一、引言心脏病是全球范围内主要的致死因素之一[1],给人们的生活和健康带来了巨大的挑战。为了预测和诊断心脏病,研究人员使用了各种机器学习算法,并通过分析变量重要性来理解特征对心脏病的影响。心脏病是指心脏结构或功能异常引起的各种疾病,包括心肌梗死、心绞痛、心力衰竭等。根据世界卫生组织的数据,心脏病每年...

乳腺癌预测的黑科技!一起探索 R 语言和随机森林算法的奇妙之处!

乳腺癌预测的黑科技!一起探索 R 语言和随机森林算法的奇妙之处!

一、引言乳腺癌是全球最常见的女性恶性肿瘤之一,也是导致女性死亡的主要原因之一。根据世界卫生组织的数据,每年有约200万例乳腺癌新病例的发生,导致60多万人死亡。乳腺癌的早期发现和精准治疗对于患者的生存率和预后至关重要。然而,目前的乳腺癌诊断和治疗方法仍然存在一些挑战。传统的乳腺癌诊断主要依赖医生的经...

分类树/装袋法/随机森林算法的R语言实现

原文首发于简书于[2018.06.12] 本文是我自己动手用R语言写的实现分类树的代码,以及在此基础上写的袋装法(bagging)和随机森林(random forest)的算法实现。全文的结构是: 分类树 基本知识 pred gini splitrule splitrule_best splitru...

R语言之Apriori算法应用

一. 概念 关联分析用于发现隐藏在大型数据集中的有意义的联系。所发现的联系可以用关联规则(association rule)或频繁项集的形式表示。 项集:在关联分析中,包含0个或多个项的集合被称为项集(itemset)。如果一个项集包含k个项,则称它为k-项集。例如:{啤酒,尿布,牛奶,花生} 是一...

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