R-loop数据分析之R-ChIP(peak calling)
Peak Calling 关于MACS2的使用方法， 我写了如何使用MACS进行peak calling详细地介绍了它的参数，在用MACS2之前尽量去阅读下。 尽管 文章说他按照默认参数分别找narrow peak 和 broad peak, 即"We used MACS2 with default settings to call narrow (or broad when necessary....
R-loop数据分析之R-ChIP(样本间BAM比较和可视化)
样本间相关性评估 上一步得到各个样本的BAM文件之后，就可以在全基因组范围上看看这几个样本之间是否有差异。也就是先将基因组分成N个区间，然后用统计每个区间上比对上的read数。 脚本scripts/07.genome_bin_read_coverage.sh如下 #!/bin/bash set -e set -u set -o pipefail samples=${1?missing sam...
R-loop数据分析之R-ChIP(数据预处理)
文件重命名 我们需要对下载的SRRXXXXX文件进行重命名，毕竟有意义的命名才能方便后续展示。那么，应该如何做呢？ 首先，你需要将GSE97072页面的中Samples这部分的内容复制到一个文本文件中（我将其命名为sample_name.txt)，分为两列，第一列是GSM编号，第二列是样本的命名。 sample name 注：这里面有一个希腊字符在不同系统表示有所不同，所以我在复制...
R-loop数据分析之R-ChIP(环境准备)
提高自己分析能力的一个好的方法就是重复别人文章里的分析策略，所以这里会尝试对第一篇介绍R-ChIP技术文章"R-ChIP Using Inactive RNase H Reveals Dynamic Coupling of R-loops with Transcriptional Pausing at Gene Promoters"里的所有分析进行重复，我重复所用代码会更新在我的GitHub上，....
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