跟着NatureMetabolism学作图:R语言ggplot2转录组差异表达火山图
论文Independent phenotypic plasticity axes define distinct obesity sub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码,但是所有作图数据都公开了,我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天....
看世界杯也能学画图:R语言ggplot2画热图展示不同国家历届足球世界杯的成绩
在twitter上看见有人分享了一个图热图展示不同国家历届足球世界杯的成绩,非常有意思,时间跨度是1982年到2018年,入选国家的标准是最少参加过四次世界杯,我们今天来重复一下这个图,自己这个伪球迷也来了解一下足球世界杯的相关知识。推特上这个图还没有分享示例数据和代码,我们手动把数据整理下来,代码自己来写部分示例数据截图最开始整理数据是直接按照图中的图例来标注的,想了一下用数字替代可能会更快一....
跟着Nature Communications学作图:R语言ggplot2堆积柱形图组合哑铃图
论文A latitudinal gradient of deep-sea invasions for marine fisheshttps://www.nature.com/articles/s41467-023-36501-4s41467-023-36501-4.pdf论文中对应的图实现的代码都有,链接是https://github.com/stfriedman/Depth-transitio....
跟着PNAS学作图:R语言ggplot2花瓣图展示泛基因组分析中核心和可变基因
论文Evolutionary history and pan-genome dynamics of strawberry (Fragaria spp.)https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2105431118草莓PNAS.pdf今天的推文我们复现一下论文中的Figure1C之前的推文复现过这个图,用的是python代码,今天的推文我们试着用R语言....
答读者问:关于R语言ggplot2做花瓣图的几个问题
有读者在公众号留言问到之前在公众号分享的R语言ggplot做花瓣图的代码相关问题,首先非常感谢这位读者能够这么认真的看我分享的内容,今天的推文主要回答一下这几个问题先回答第二个问题df1模拟生成中,1:18, 10, 180这些是怎么决定的呢?是应为df里面分组数量决定的吗?总是用180除以分组数量等分圆吗?我这里的花瓣图是通过构造正弦函数的数据,然后画图展示正弦函数,然后再利用R语言ggplo....
R语言之可视化-火山图R语言之可视化-火山图
火山图可以方便直观地展示两个样本间基因差异表达的分布情况。通常横坐标用log2(fold change)表示,差异越大的基因分布在两端,纵坐标用-log10(pvalue)表示,T检验显著性P值的负对数。通常差异倍数越大的基因T检验越显著,所以往往关注左上角和右上角的值。我们根据计算结果在图上按照FDR和我们自定义的logFC值来将这部分显著变化的基因用不同颜色标示出来以区分,这类图像往往呈现类....
R语言的igraph画社交关系图示例
R语言中的igraph可以很方便地画出社交关系图。下面是几个示例。 1.最简单的社交关系图 library(igraph) dolphin <- read.csv('dolphins.csv',head=T,fileEncoding='UTF-8',stringsAsFactors=F) g <- graph.data.frame(dolphin) jpeg(filename='...
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