文章 2023-08-25 来自:开发者社区

科研绘图丨使用R语言Pheatmap包快速绘制基因表达量热图的方法,支持聚类和配色自定义修改

Pheatmap绘制基因表达量热图论文中展示基因表达量变化通常使用热图,今天分享一个快速绘制不同基因在各处理下表达量变化的方法,使用R语言中pheatmap包,它可以用于可视化数据集中的数值,以便更好地理解数据之间的关系和模式。创建环境与示例数据加载R包library(tibble) library(tidyverse) library(pheatmap)生成随机数据# 设置随机数种子以确保结果....

科研绘图丨使用R语言Pheatmap包快速绘制基因表达量热图的方法,支持聚类和配色自定义修改
文章 2023-06-14 来自:开发者社区

R语言- ComplexHeatmap 绘制复杂热图示例

热图(Heatmap)作为展示基因表达模式最直观的工具。它经常用在分子生物学文章里(尤其是microarray, RNA-seq相关论文)直观地呈现多样本多个基因的全局表达量变化,和呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。绘制复杂热图最好用的是 ComplexHeatmap包,,它提供了灵活、高效、易于定制的方法来绘制多种类型的热图,并支持多种数据类型和数据格式,可以处理大型数据集,并在短时间内生成....

R语言- ComplexHeatmap 绘制复杂热图示例
文章 2023-05-10 来自:开发者社区

跟着Nature Biotechnology学作图:R语言ComplexHeatmap包做热图展示TCGA-BRCA数据集概况

论文Removing unwanted variation from large-scale RNA sequencing data with PRPShttps://www.nature.com/articles/s41587-022-01440-w#data-availability数据链接https://zenodo.org/record/6459560#.Y2D2NHZBzidhttps....

跟着Nature Biotechnology学作图:R语言ComplexHeatmap包做热图展示TCGA-BRCA数据集概况
文章 2023-05-10 来自:开发者社区

看世界杯也能学画图:R语言ggplot2画热图展示不同国家历届足球世界杯的成绩

在twitter上看见有人分享了一个图热图展示不同国家历届足球世界杯的成绩,非常有意思,时间跨度是1982年到2018年,入选国家的标准是最少参加过四次世界杯,我们今天来重复一下这个图,自己这个伪球迷也来了解一下足球世界杯的相关知识。推特上这个图还没有分享示例数据和代码,我们手动把数据整理下来,代码自己来写部分示例数据截图最开始整理数据是直接按照图中的图例来标注的,想了一下用数字替代可能会更快一....

看世界杯也能学画图:R语言ggplot2画热图展示不同国家历届足球世界杯的成绩
文章 2023-05-10 来自:开发者社区

跟着Nature学作图:R语言ggplot2热图

论文A saturated map of common genetic variants associated with human heighthttps://www.nature.com/articles/s41586-022-05275-ys41586-022-05275-y.pdf代码没有公开,但是作图数据基本都公开了,争取把每个图都重复一遍今天的推文重复论文中的extended Fig....

跟着Nature学作图:R语言ggplot2热图
文章 2023-05-10 来自:开发者社区

跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot2柱形图和下三角热图完整示例

论文Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specific vulnerabilities during obesityhttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00674-x#Sec58s42255-022-00674-x.pdfht....

跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot2柱形图和下三角热图完整示例
文章 2023-05-10 来自:开发者社区

R语言ComplexHeatmap包做热图:热图每隔三行分开一小段

这个是有读者在B站给我的留言问到的问题热图每隔三行分开一小段 怎么实现?我最开始的想法是用ggplot2来做,将数据拆分,每三行数据做一个图,最后采取拼图的方式来实现。后来想起来R语言里有一个做热图功能非常强大的R包ComplexHeatmap应该能够实现这个目的,所以查了一下这个R包的帮助文档,找到了实现办法。参考文档链接https://jokergoo.github.io/ComplexHe....

R语言ComplexHeatmap包做热图:热图每隔三行分开一小段
文章 2023-05-10 来自:开发者社区

跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot2热图和添加分组标记

论文Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specific vulnerabilities during obesityhttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00674-x#Sec58s42255-022-00674-x.pdfht....

跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot2热图和添加分组标记
文章 2023-05-10 来自:开发者社区

跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot2热图组合树图和双层分组标记

论文Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specific vulnerabilities during obesityhttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00674-x#Sec58s42255-022-00674-x.pdfht....

跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot2热图组合树图和双层分组标记
文章 2023-05-10 来自:开发者社区

跟着Nature学作图:R语言ggplot2三角热图按照指定的角度旋转

论文Whole-genome doubling drives oncogenic loss of chromatin segregationhttps://www.nature.com/articles/s41586-023-05794-2#MOESM10作图数据都有,论文中的图也很好看,抽时间复现今天的推文复现一下论文中的Figure 1e 三角热图ggplot2能够做这种三角热图,但是怎么让....

跟着Nature学作图:R语言ggplot2三角热图按照指定的角度旋转

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