科研绘图丨使用R语言Pheatmap包快速绘制基因表达量热图的方法,支持聚类和配色自定义修改

科研绘图丨使用R语言Pheatmap包快速绘制基因表达量热图的方法,支持聚类和配色自定义修改

Pheatmap绘制基因表达量热图论文中展示基因表达量变化通常使用热图,今天分享一个快速绘制不同基因在各处理下表达量变化的方法,使用R语言中pheatmap包,它可以用于可视化数据集中的数值,以便更好地理解数据之间的关系和模式。创建环境与示例数据加载R包library(tibble) library...

R语言- ComplexHeatmap 绘制复杂热图示例

R语言- ComplexHeatmap 绘制复杂热图示例

热图(Heatmap)作为展示基因表达模式最直观的工具。它经常用在分子生物学文章里(尤其是microarray, RNA-seq相关论文)直观地呈现多样本多个基因的全局表达量变化,和呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。绘制复杂热图最好用的是 ComplexHeatmap包,,它提供了灵活、高效、易于...

跟着Nature Biotechnology学作图:R语言ComplexHeatmap包做热图展示TCGA-BRCA数据集概况

论文Removing unwanted variation from large-scale RNA sequencing data with PRPShttps://www.nature.com/articles/s41587-022-01440-w#data-availability数据链接ht...

跟着Nature学作图:R语言ggplot2热图

论文A saturated map of common genetic variants associated with human heighthttps://www.nature.com/articles/s41586-022-05275-ys41586-022-05275-y.pdf代码没有公...

跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot2柱形图和下三角热图完整示例

论文Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specific vulnerabilities during obesityhttps://www.nature.com/articles...

R语言ComplexHeatmap包做热图:热图每隔三行分开一小段

这个是有读者在B站给我的留言问到的问题热图每隔三行分开一小段 怎么实现?我最开始的想法是用ggplot2来做,将数据拆分,每三行数据做一个图,最后采取拼图的方式来实现。后来想起来R语言里有一个做热图功能非常强大的R包ComplexHeatmap应该能够实现这个目的,所以查了一下这个R包的帮助文档,找...

跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot2热图和添加分组标记

论文Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specific vulnerabilities during obesityhttps://www.nature.com/articles...

跟着Nature Metabolism学作图:R语言ggplot2热图组合树图和双层分组标记

论文Single-cell profiling of vascular endothelial cells reveals progressive organ-specific vulnerabilities during obesityhttps://www.nature.com/articles...

跟着Nature学作图:R语言ggplot2三角热图按照指定的角度旋转

论文Whole-genome doubling drives oncogenic loss of chromatin segregationhttps://www.nature.com/articles/s41586-023-05794-2#MOESM10作图数据都有,论文中的图也很好看,抽时间复现...

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