科研绘图丨使用R语言Pheatmap包快速绘制基因表达量热图的方法,支持聚类和配色自定义修改
Pheatmap绘制基因表达量热图论文中展示基因表达量变化通常使用热图,今天分享一个快速绘制不同基因在各处理下表达量变化的方法,使用R语言中pheatmap包,它可以用于可视化数据集中的数值,以便更好地理解数据之间的关系和模式。创建环境与示例数据加载R包library(tibble) library(tidyverse) library(pheatmap)生成随机数据# 设置随机数种子以确保结果....

R语言中如何进行PCA分析?利用ggplot和prcomp绘制基因表达量分析图(下)
PCA的实现流程使用上面创建的data_3数据来进行后续操作。首先生成表达矩阵,包含3个基因在200个样本中的表达情况。> kable(headTail(data_3),booktabs=T,caption = "Expression 3Gene in 200 samples") Table: Expression 3Gene in 200 samples | |Ge_1 |Ge...

R语言中如何进行PCA分析?利用ggplot和prcomp绘制基因表达量分析图(上)
学习笔记的主要内容是在R语言中利用ggplot2进行PCA分析和绘图,包括简单分析与操作流程,对比不同方式得到的结果差异,提供脚本代码供练习(下载链接见文末)PCA分析的原理在处理基因差异表达数据时,有时候需要分析其中因素的影响最大,判断结果的关系,这个时候可以用PCA分析法,之前发过一篇PCA分析的简介和数学原理解析,如果有兴趣点击这里查看,今天的笔记主要围绕实际操作过程进行分享。笔者学习时参....

使用R语言绘制富集条形图,轻松分析基因表达数据
一、引言富集分析(enrichment analysis)是一种生物信息学方法,它可以帮助我们识别基因或其他的生物实体在某个特定的类别中过度表示的趋势。通俗来说,富集分析通过将基因分类到特定的集合中,然后根据基因在集合中的分布和总体分布的比较,来寻找哪些集合与特定的生物过程、疾病或其他功能相关联。其中一种常用的可视化形式就是富集条形图(enrichment bar plot)。它可以显示分析结果....

跟着NatureMetabolism学作图:R语言ggplot2画热图展示基因表达量
论文Independent phenotypic plasticity axes define distinct obesity sub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码,但是所有作图数据都公开了,我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天....

R语言利用转录组基因表达矩阵做基因共表达分析的学习资料推荐
参考资料链接https://github.com/cxli233/SimpleTidy_GeneCoEx/tree/v1.0.1提供完整的示例数据和代码,非常好的学习材料做基因共表达比较常用的是WGCNA那个R包,这个链接里提供的代码不是用WGCNA这个R包实现的,而是利用表达量数据计算不同基因之间的相关性,这种方法也挺常用的在论文里见过表达量数据是来源于论文High-resolution sp....

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