R语言中如何进行PCA分析?利用ggplot和prcomp绘制基因表达量分析图(下)

R语言中如何进行PCA分析?利用ggplot和prcomp绘制基因表达量分析图(下)

PCA的实现流程使用上面创建的data_3数据来进行后续操作。首先生成表达矩阵,包含3个基因在200个样本中的表达情况。> kable(headTail(data_3),booktabs=T,caption = "Expression 3Gene in 200 samples") Table:...

R语言中如何进行PCA分析?利用ggplot和prcomp绘制基因表达量分析图(上)

R语言中如何进行PCA分析?利用ggplot和prcomp绘制基因表达量分析图(上)

学习笔记的主要内容是在R语言中利用ggplot2进行PCA分析和绘图,包括简单分析与操作流程,对比不同方式得到的结果差异,提供脚本代码供练习(下载链接见文末)PCA分析的原理在处理基因差异表达数据时,有时候需要分析其中因素的影响最大,判断结果的关系,这个时候可以用PCA分析法ÿ...

大数据之R语言速成与实战

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跟着NatureMetabolism学作图:R语言ggplot2转录组差异表达火山图

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