Nat. Commun. | 可多层次预测多肽-蛋白质相互作用的深度学习框架
本次报道的论文来自清华大学的曾坚阳老师团队发表在nature communications上的A deep-learning framework for multi-level peptide–protein interaction prediction。文章提出了一个可多层次预测多肽-蛋白相互作用的深度学习框架(CAMP)。该模型包括二元多肽-蛋白相互作用预测和相应的多肽结合残基鉴定，通过综合....
Nat. Commun. | 序列到功能的深度学习框架加速工程核糖调节剂设计和优化
今天给大家介绍由哈佛大学和剑桥大学的研究人员联合发表在Nature Communications的一篇文章。由于对设计规则的理解有限，设计全新的生物回路组件仍然是一项具有挑战性的工作，支点开关（Toehold Switches）的设计也面临相似的问题。针对上述情况，作者提出了两种深度学习架构——STORM和NuSpeak，这二种架构使用了卷积过滤器，注意力图和电子诱变技术用于描述和优化支点。实验....
Bioinformatics | 预测药物-药物相互作用的多模态深度学习框架
今天给大家介绍来自华中农业大学信息学院章文教授课题组在Bioinformatics上发表的一篇关于预测药物与药物相互作用事件的文章。作者提出了一个多模态深度学习框架— DDIMDL。它将不同的药物特征与深度学习相结合，建立了一个预测药物相互作用相关事件的模型。DDIMDL首先分别利用四种药物特征:化学子结构、靶点、酶和通道，构建基于深度神经网络的子模型，然后采用联合DNN框架组合子模型，学习药物....
Bioinformatics | 预测药物相互作用的多模式深度学习框架
今天给大家介绍华中农业大学信息学院章文教授课题组发表在Bioinformatics的一篇文章“ A multimodal deep learning framework for predicting drug-drug interaction events ”，作者提出一个多模态深度学习框架，通过结合不同的药物特征来预测药物相互作用事件类型。1研究背景药物-药物相互作用 (DDI, Drug-D....
Nat. Commun | 预测RNA-蛋白质结合偏好的深度学习框架
1. 研究背景RNA与蛋白质之间的相互作用在转录后的调节中起重大作用，因此需对RNA-蛋白质（RBP）之间的结合进行预测，但是实验手段的应用难以广泛开展。结构生物学实验只能检测某一个特定RNA与蛋白间的相互作用，而不能提供统计意义上的结合偏好的信息。而assay的方法可以提供结合的亲和力，但是没有办法抓住具体的结构上的结合构象的差异和细节。基于计算的手段由于具有高通量高效率的优点，正受到越来越多....
清华深度学习框架 Jittor 开源，创新元算子和统一计算图，推理速度可提升 10%-50%
近日，清华大学计算机系图形实验室宣布开源全新的深度学习框架：计图（英文名：Jittor），这也是我国首个高校自研的开源深度学习框架。根据官网介绍，这是一个完全基于动态编译（Just-in-time）、内部使用创新的元算子和统一计算图的深度学习框架。根据官方给出的特性对比来看，Jittor 与国际主流平台相比，具有多项先进特性。与同类型框架相比，Jittor 在收敛精度一致情况下，推理速度取得了 ....
收藏的博客 -- 深度学习AI框架与数学基础
需要的数学基础：数学课本有了基础的《概率/统计》、《线性代数》、《微积分》知识，就可以上手深度学习的算法和实践了。但经过一段时间的工程实践，慢慢觉得大多数时间都用在选模型，调超参，或者是网络结构的排列组合上。深度学习的黑盒特性越来越明显。难道深度学习工程师就当真是数据“炼丹师”吗？机器学习以数学理论为基础，要学好机器学习必须做好艰苦奋斗的准备，坚持对数学知识的追求。掌握机器学习至少需要微积分，线....
DL：深度学习框架Pytorch、 Tensorflow各种角度对比
先看两个框架实现同样功能的代码1、Pytorch、Tensorflow代码比较DL框架之PyTorch：PyTorch的简介、安装、使用方法之详细攻略DL框架之Tensorflow：Tensorflow的简介、安装、使用方法之详细攻略DL：深度学习框架Pytorch、 Tensorflow各种角度对比——案例代码实现2、Tensorflow(数据即是代码，代码就是数据)+Pytorch(随着进展....
DL之Keras： Keras深度学习框架的注意事项(默认下载存放路径等)、使用方法之详细攻略
Keras深度学习框架的注意事项1、Keras自动下载默认数据集/模型存放位置Windows系统数据集文件：C:\用户\用户名\.keras\datasets模型文件：C:\用户\用户名\.keras\modelsMac系统数据集文件：~/.keras/datasets/模型文件：~/.keras/models/Linux系统数据集文件：~/.keras/datasets/模型文件：~/.ker....
AI：机器学习、深度学习在实际应用(工业应用)中的步骤流程框架、实际场景(案例)之详细攻略
机器学习/深度学习场景实际应用1、分类问题案例Kaggle Titanic：Titanic: Machine Learning from Disaster2、回归问题案例Kaggle—House Prices: Advanced Regression Techniques：https://www.kaggle.com/c/house-prices-advanced-regression-tech....
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