文章 2024-05-06 来自:开发者社区

R语言层次聚类、多维缩放MDS分类RNA测序(RNA-seq)乳腺发育基因数据可视化|附数据代码2

R语言层次聚类、多维缩放MDS分类RNA测序(RNA-seq)乳腺发育基因数据可视化|附数据代码1:https://developer.aliyun.com/article/1501241 可视化 许多组学可视化使用R基础绘图函数。我们大部分时间都避免使用基础绘图。但是,利用手头的数据,使用这些绘图函数得到一些结果是相当简单的。 现在,让我们制作视图以快速检查RNA-se...

R语言层次聚类、多维缩放MDS分类RNA测序(RNA-seq)乳腺发育基因数据可视化|附数据代码2
文章 2024-05-06 来自:开发者社区

R语言层次聚类、多维缩放MDS分类RNA测序(RNA-seq)乳腺发育基因数据可视化|附数据代码1

在乳腺发育过程中,促生存基因Mcl1被认为是关键的调控因子之一。为了更全面地揭示Mcl1在乳腺发育中的调控作用,本研究帮助客户采用层次聚类和多维缩放(MDS)等方法对RNA-seq数据进行深入分析。层次聚类可以帮助我们识别不同样本之间的相似性和差异性,从而揭示乳腺发育过程中不同阶段的基因表达模式。而MDS则可以将高维的基因表达数据转化为低维空间中的点,便于我们进行可视化和模式识别。 本文...

R语言层次聚类、多维缩放MDS分类RNA测序(RNA-seq)乳腺发育基因数据可视化|附数据代码1
文章 2024-04-17 来自:开发者社区

R语言绘制圈图、环形热图可视化基因组实战:展示基因数据比较

可以使用环状图形展示基因数据比较。可以添加多种图展信息,如热图、散点图等。 本文目标: 可视化基因组数据 制作环形热图 环形热图很漂亮。可以通过R来实现环形热图。 首先,让我们生成一个随机矩阵,并将其随机分成五组。 mat1...

R语言绘制圈图、环形热图可视化基因组实战:展示基因数据比较
文章 2024-04-17 来自:开发者社区

R语言在地图上绘制月亮图、饼状图数据可视化果蝇基因种群

月亮图和饼图 饼图把一个圆分成多个部分,这些部分的弧长(以及面积)代表一个整体的比例。月亮图也是如此,它把一个圆分成多个部分,这些部分的面积代表整个圆的比例,但在月亮图中,这些部分被画成圆的月牙形,就像月相。 使用...

R语言在地图上绘制月亮图、饼状图数据可视化果蝇基因种群
文章 2024-04-09 来自:开发者社区

R语言处理RNA等位基因不平衡(二)

1.前言: RNA测序技术允许研究人员在转录组水平上精细地检测基因表达,包括等位基因特异性表达的变异。通过比较来自同一基因的不同等位基因的表达量,可以揭示细胞内遗传和表观遗传调控机制的差异。本代码通过对RNA测序数据中的读数计数进行详细分析,旨在检测和量化等位基因不平衡。通过优化统计模型来估计等位基因表达的差异,研究人员可以识别出在特定生物学条件下受到调控的基因区域。 其实和DN...

文章 2024-04-09 来自:开发者社区

R语言处理DNA等位基因不平衡(一)

在生物信息学和基因组学研究中,等位基因不平衡分析是一种重要的方法,用于识别在特定生物过程或疾病状态中可能受到选择压力的基因或基因区域。等位基因不平衡(Allele Imbalance)指的是基因座上两个等位基因表达或存在的比例不等,这种不平衡可能是由于自然选择、遗传漂变或基因流等进化力量的作用。 1. 背景: 基因的等位基因表达不平衡可以揭示关于细胞类型特异性、基因调控机制、遗传...

文章 2023-08-25 来自:开发者社区

VET:一个基于R语言的VCF数据提取工具,支持按基因ID、物理位置、样品名称提取指定变异信息

VET:Vcf Export Tools工具简介VET是一个基于R语言开发的变异位点信息批量提取工具,主要功能是根据VCF数据集,按照基因ID、样品ID、变异位点ID等参数,实现批量提取,同时支持变异位点结构注释,一步搞定变异数据的快速提取。########## WelCome to VCF Export Tools ########### >>>>>>>...

VET:一个基于R语言的VCF数据提取工具,支持按基因ID、物理位置、样品名称提取指定变异信息
文章 2023-08-25 来自:开发者社区

科研绘图丨使用R语言Pheatmap包快速绘制基因表达量热图的方法,支持聚类和配色自定义修改

Pheatmap绘制基因表达量热图论文中展示基因表达量变化通常使用热图,今天分享一个快速绘制不同基因在各处理下表达量变化的方法,使用R语言中pheatmap包,它可以用于可视化数据集中的数值,以便更好地理解数据之间的关系和模式。创建环境与示例数据加载R包library(tibble) library(tidyverse) library(pheatmap)生成随机数据# 设置随机数种子以确保结果....

科研绘图丨使用R语言Pheatmap包快速绘制基因表达量热图的方法,支持聚类和配色自定义修改
文章 2023-08-25 来自:开发者社区

一种基于R语言tidyverse的算法:批量查找SNP位点连锁区内对应的QTL以及基因

批量查找QTL以及基因如果已知SNP位点的物理位置和其LDblock区间的端点,想要快速找到该区间内的QTL,之后根据参考基因组找到与连锁区域存在交集的基因,最终得到与SNP和QTL相匹配的基因集。通常的做法是在Excel中先对每个SNP计算出相应区间,然后找到对应的QTL,然后打开全部基因的参考信息,寻找有关基因。上述方法较复杂,如果有成千上万条SNP或者基因将会非常耗费时间和精力,而且操作过....

一种基于R语言tidyverse的算法:批量查找SNP位点连锁区内对应的QTL以及基因
文章 2023-08-25 来自:开发者社区

R语言中如何进行PCA分析?利用ggplot和prcomp绘制基因表达量分析图(下)

PCA的实现流程使用上面创建的data_3数据来进行后续操作。首先生成表达矩阵,包含3个基因在200个样本中的表达情况。> kable(headTail(data_3),booktabs=T,caption = "Expression 3Gene in 200 samples") Table: Expression 3Gene in 200 samples | |Ge_1 |Ge...

R语言中如何进行PCA分析?利用ggplot和prcomp绘制基因表达量分析图(下)

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