R语言中如何进行PCA分析？利用ggplot和prcomp绘制基因表达量分析图（上）
学习笔记的主要内容是在R语言中利用ggplot2进行PCA分析和绘图，包括简单分析与操作流程，对比不同方式得到的结果差异，提供脚本代码供练习（下载链接见文末）PCA分析的原理在处理基因差异表达数据时，有时候需要分析其中因素的影响最大，判断结果的关系，这个时候可以用PCA分析法，之前发过一篇PCA分析的简介和数学原理解析，如果有兴趣点击这里查看，今天的笔记主要围绕实际操作过程进行分享。笔者学习时参....
使用R语言绘制富集条形图，轻松分析基因表达数据
一、引言富集分析（enrichment analysis）是一种生物信息学方法，它可以帮助我们识别基因或其他的生物实体在某个特定的类别中过度表示的趋势。通俗来说，富集分析通过将基因分类到特定的集合中，然后根据基因在集合中的分布和总体分布的比较，来寻找哪些集合与特定的生物过程、疾病或其他功能相关联。其中一种常用的可视化形式就是富集条形图（enrichment bar plot）。它可以显示分析结果....
跟着NatureMetabolism学作图：R语言ggplot2画热图展示基因表达量
论文Independent phenotypic plasticity axes define distinct obesity sub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码，但是所有作图数据都公开了，我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天....
R语言利用转录组基因表达矩阵做基因共表达分析的学习资料推荐
参考资料链接https://github.com/cxli233/SimpleTidy_GeneCoEx/tree/v1.0.1提供完整的示例数据和代码，非常好的学习材料做基因共表达比较常用的是WGCNA那个R包，这个链接里提供的代码不是用WGCNA这个R包实现的，而是利用表达量数据计算不同基因之间的相关性，这种方法也挺常用的在论文里见过表达量数据是来源于论文High-resolution sp....
跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2做堆积柱形图展示群体基因组学的结果
论文Genomic insights into local adaptation and future climate-induced vulnerability of a keystone forest tree in East Asiahttps://www.nature.com/articles/s41467-022-34206-8#Sec23完整的数据分析代码 涉及到群体基因组学作图数据....
跟着PNAS学作图：R语言ggplot2花瓣图展示泛基因组分析中核心和可变基因
论文Evolutionary history and pan-genome dynamics of strawberry (Fragaria spp.)https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2105431118草莓PNAS.pdf今天的推文我们复现一下论文中的Figure1C之前的推文复现过这个图，用的是python代码，今天的推文我们试着用R语言....
跟着Nature Communications学作图：R语言箱线图和拟合曲线展示泛基因组中的基因家族数量
论文Chromosome-level assemblies of multiple Arabidopsis genomes reveal hotspots of rearrangements with altered evolutionary dynamicshttps://www.nature.com/articles/s41467-020-14779-y拟南芥NC_panGenome.pdf....
跟着Nature学作图：R语言ggplot2作图展示基因和转座子的相对位置
论文The structure, function and evolution of a complete human chromosome 8https://www.nature.com/articles/s41586-021-03420-7今天的推文我们模仿一下论文中figure1c最下面的小图我理解的这个图是给定一个区间，有区间内的转座子坐标，还有区间内的基因坐标，然后放到同一个图上展示，....
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