使用BWA、GATK、Samtools软件进行基因测序

本文介绍如何使用E-HPC集群运行BWA、GATK、Samtools软件进行基因测序计算。背景信息生命科学领域内基因测序技术的飞速发展,人类发现的基因序列以指数级增长,对于如此数量庞大的基因进行同源性搜寻、比对、变异检查等,往往伴随着巨大的...

BCS+Cromwell基因测序

解决问题 搭建以Cromwell为基因测序工作流管理平台,使用批量计算服务提供基因测序计算集群,运行以WDL定义的基因测序流程的云端基因测序平台。产品列表 访问控制RAM 云服务器ECS 批量计算BCS 专有网络VPC 对象存储OSS 数据库服务RDS 镜像...

基因测序“治未病”

在中国两部委(食品药品监督管理局、国家卫生计生委)用一纸禁令将基因测序打入“冷宫”仅两个月,世界最大的基因测序仪器制造商Illumina的掌门人Jay Flatley先生就急冲冲跑来中国,并高调表示:“我十分看好中国基因测序市场。可能有人会...

新生儿测序:开启基因测序市场的新蓝海!

基因测序新蓝海——新生儿基因测序 在美国,基因测序技术的春风不仅吹向了生命科学领域的各个行业,而且吹响了人们对美好健康生活方式向往的新号角。这不,当二代测序正逐渐成熟地在胎儿产前检测中的运用和新一代基因测序技术及其在肿瘤...

基因计算分析解决方案

基因测序技术日新月异,围绕着基因组学的基础科学研究和临床医学应用,也正在取得突破性的进展。阿里云为海量基因组学数据的计算分析提供高效安全的完整解决方案,帮助生物科技公司、科研人员和医疗健康机构构建广泛可靠、敏捷智能的基础...

基因计算工作流

基因计算工作流 最佳实践 架构图 场景描述 适合利用容器服务 Kubernetes 版上的工作流 引擎进行大规模基因测序的场景。阿里云工作流 引擎基于开源项目 Argo实现,支持并发、循环、重试等多种执行策略。典型的基因计算过程会把 数据分批进行...

阿里云解决方案基因专题

容器混合云如何应对基因测序的 IT 挑战.基因组学分析.三代Canu组装加速.三分钟了解3代基因测序的技术优势.阿里云基因行业BIO-IT开发者扶持计划.标准流程描述语言 WDL 阿里云最佳实践.金牌架构师1V1咨询.阿里云解决方案助理精准医学快速发展...

通过AGS处理全基因测序WGS

通过AGS可以快速处理全基因测序WGS(Whole Genome Sequencing)的全流程任务,包括基因比对、排序、去重和变异检测。本文介绍如何通过AGS命令行管理WGS工作流。前提条件 开通服务。准备工作 完成权限的配置和数据的准备。配置AGS。关于...

解密ADB高效基因检测系统

通过高通量基因测序仪(High-throughput Sequencing),对核酸序列进行测序。为保证高通量测序仪的精度,可以将较长的核苷酸序列切成小的分片,分别进行测序。在读取基因序列时,基因序列的数据大小一般为50PB~200PB。通过高通量测序之后,...

阿里云基因组学公共数据集

浏览所有使用案例 使用机器学习模型的,分析,数据华大智造基因测序仪拥有“DNBSEQ“测序核心技术,基于PCR free的建库方法,有更好的SNP和InDel准确性。但是与其他测序平台相比,如何针对新的数据特点,通过机器学习的方法,来开发新的分析...

阿里云开发者社区-阿里云基因组学-全部-阿里云

文章 新燕刀,浏览量 基因测序企业如何解决存储和计算需求与有限IT基础设施的矛盾 文章 新燕刀,浏览量,精确且高效的长read校正 文章 新燕刀,浏览量【译】使用Spark SQL 运行大规模基因组工作流 文章 新燕刀,浏览量 安诺云联合阿里云国内首推...

人和未来_医疗_基因大数据_企业成长服务中心客户故事-阿里云

——人和未来联合创始人、CEO 黄文静 客户发展 2009年基因测序的浪潮在美国西海岸日益兴盛,圣地亚哥某实验室,一群来自,等知名高校及机构的年轻人聚在一起进行二代基因测序技术研究,抱着孤注一掷的勇气将所有的积蓄投入进去做了启动资金...

峰科基因计算加速方案落地阿里云FPGA平台

峰科基因解决方案是适用于基因组学的所有功能于一身的计算解决方案。它使用阿里云上高端FPGA 加速器,以及来自峰科的软件增强功能,可以为大多数计算密集型基因组学算法优化 FPGA 加速流程。通过保持与原始GATK使用方法...基因测序/基因计算.

基因计算(AGS)支持通过Open API实施测序任务

容器服务基因计算开放一组Open API,支持用户提交测序任务,运行完毕后的结果自动上传到用户OSS存储上,免去手动创建集群和部署任务的繁杂工作。并且API支持不同的SLA等级,按需提供不同算力的资源,满足用户对于成本和效率的需求。当前该...

基因计算AGS商用化开放

基因计算服务是阿里云基于容器Kubernetes技术面向生物行业用户提供的基因大数据计算服务,具有高效、弹性、可靠的优点,相比传统的基因计算过程速度更快,成本更低。基因计算服务的收费方式为按照后台API成功调用次数按量收费,用户提交...

云服务器ECS第七代高主频实例

基因测序的海量数据分析场景,往往需要通过各种类型生物信息学Pipeline对原始数据进行分析,而这些Pipeline中的软件对计算资源要求很高。通过大算力实例提升分析时效,可有效提升基因分析效率.基因分析.教学视频编解码、转发以及大量的在线...

阿里云产品月刊3月刊

日新月异的基因测序技术推动了精准医疗和疾病防控的发展,也对海量基因组数据的分析计算效率提出更高要求。本期我们聚焦云计算技术加持的基因分析领域,发布阿里云基因分析平台产品与核心技术,与精准医疗领域专家对话,看云上算力爆发如何...

云原生实战实说—深度解读容器领域发展-阿里云

阿里云ACK/AGS提供云上PaaS加速能力AGS,以混合云方式协助华大基因完成自主测序仪大批量下机数据二级分析的近实时交付,理想情况下可降低二级分析计算成本1/2,缩短交付周期95%.容器产品爆款推荐.修复播放器样式覆盖标题的问题.云栖大会-...

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基因测序的产业链及商业模式

探索基因测序行业的产业链和商业模式是目前测序服务公司目前的主要工作,本文为大家梳理一下基因测序服务行业的产业链和商业模式。基因组学是未来最被看好的领域之一,比尔·盖茨说,”下一个超越他的富豪将来自基因领域。2014年7月,...

基因测序企业如何解决存储和计算需求与有限IT基础设施的矛盾

作者:阿里云MVP 宋童·业务需要 近几年,生物医药与基因测序领域的发展非常火爆,不止是在传统业务领域,现在大量的个人也有诸如健康管理、癌症基因筛查等各种基因测序的需求。因此,基因测序领域的企业的数量逐渐增多,业务发展也越来越...

《云上高性能计算助力基因测序:寻生物案例分享》电子版地址

《云上高性能计算助力基因测序:寻生物案例分享》基因测序的业务流程主要包括样本上机(测序仪)、测序文件生成、基因序列比对及结果分析(计算机),并将结果数据及报告交付至各科研医疗机构。其中,基因序列比对及分析环节极为耗时,...

三代测序组装方案

三代测序组装解决方案为大基因组组装提供高效稳定的技术支持,三代测序与二代测序相比有着长读长的天然的技术优势,正得到市场的青睐,但是基因组组装速度慢,耗时长也阻碍了应用的推广。阿里云三代测序组装方案,在保证最终结果一致的条件...

新型冠状病毒全基因组分析解决方案

整合实验建库、上机测序和数据分析各个环节的最新技术,大大缩短基因测序检测方法的耗时,提高实验室的处理通量.快速精准检测,提高地方疫情处理能力.低成本免开发.达摩院针对新冠病毒基因的特征进行了分析,基于pdb等公共数据集的数据进行...

基因分析平台

为任意规模的用户,提供开箱即用的基因分析服务,效率高,成本低,灵活可靠,最快30分钟即可获取海量数据的计算结果。提供常用的生信流程和最佳参数配置,直接读写对象存储OSS数据,使用简单方便.使用GPU/FPGA等多种加速工具,结合阿里云...

案例:解密阿里云高效病原体基因检测工具

(3)通过高通量基因测序仪,对核酸序列进行测序。高通量测序为了保证精度,会将很长的核苷酸序列,切成小的分片,分别进行测序,在读取基因序列上,一般是50pb到200bp不等。(4)高通量测序之后,需要查询相关的病原体标准序列,找到匹配...

基因计算工作流

场景描述本文适合利用容器服务Kubernetes版上的工作流引擎进行大规模基因测序的场景。阿里云工作流引擎基于开源项目Argo实现,支持并发、循环、重试等多种执行策略典型的基因计算过程,把数据分批进行计算,按照规定好的步骤依次完成计算,...

江苏华生基因数据科技股份有限公司_[信息查询_工商查询_电话地址邮箱]-企典企业信息...

基因测序服务国家有专项审批规,经营范围变更含业务范围变更 基因测序服务国家有专项审批规定的除外;软件开.基因数据技术研发;基因测序服务国家有专项审批规,名称变更字号名称、集团名称等 江苏华生恒业科技股份有限公司 江苏华生基因数据...

江苏华生基因数据科技股份有限公司上海分公司_[信息查询_工商查询_电话地址邮箱]-企典...

经营范围包括:基因测序服务(国家有专项审批规定的除外),软件开发、制作、销售及外包服务,计算机硬件及配件、食品销售,自营和代理各类商品和技术的进出口业务(国家限定企业经营或禁止进出口的商品和技术除外)。【依法须经批准的项目...

基因计算工作流_最佳实践-阿里云

立即登录,基因计算工作流,基因计算,工作流,利用容器服务Kubernetes版中的工作流机制,配合共享存储NAS完成基因计算,场景描述 适合利用容器服务Kubernetes版上的工作流 引擎进行大规模基因测序的场景。阿里云工作流 引擎基于开源项目Argo...

基因实体表格

基因数据除测序文件(如FASTQ,BAM等)外,还需要包括临床、样本、实验等相关元数据信息,这些组合在一起,才能形成生物医学多组学的大数据。除使用阿里云对象存储OSS为基因数据文件,提供安全、可靠、无限的存储空间外,基因分析平台设计...

新集群模板:基因计算集群

容器服务在专有版Kubernetes推出基因计算集群,该集群具备高性能计算实例的工作节点,支持大型工作流引擎,支持大规模批量处理,适合BCL、FASTQ、BAM/SAM/VCF数据分析、装配、变异检查等计算业务.敬请期待.生物科技类企业.

云存储网关文件网关支持OSS传输加速

通过针对OSS传输加速的优化,云存储网关可以在传输文件的时候,充分的利用公网带宽,加速数据的传输质量。不管数据在国内还是海外站点,都可以提升数据传输的体验,提供高性价比的跨...基因测序和药物开发企业,有跨地域数据共享和分发的需求.

GATK 4.0正式版发布

GATK 4.0正式版支持Broad Institute最佳实践流程.基因测序行业用户.

PolarDB开源社区学习图谱

本书介绍PostgreSQL的全球概况,并教大家如何用SQL做数据分析和训练机器学习算法模型,以及介绍PolarDB for PostgreSQL运维流程及原理等内容.立即下载.《PolarDB for PG 源码与应用实战》.本书由阿里云及网易数帆、美创科技、CUUG、恒辉...

阿里云存储

再谈数据湖3.0:降本增效背后的创新动力.【技术解读】.使用C++作为主要开发语言的程序猿们应该会认同搭建开发环境是一件烦人的事情。笔者在运营iLogtail开源社区的过程中发现开发和调试环境问题也是成员问的最多的问题之一.一招解决开发...

阿里云存储最佳实践案例集合

让云技术推动基因行业的发展.查看详情.某知名基因检测公司.轻松实现Panel/WES数据12小时端到端处理完成.查看详情.中国某癌症医疗公司.收治全球上万网点数据,构建高性价比数据解决方案.查看详情.某知名物流集团.优化数据成本以及计算性能,...

云上高性能计算助力基因测序

云上高性能计算助力基因测序摘要:本文整理自阿里云行业解决方案架构师马颂(栖逸),在阿里云计算情报局的分享。本篇内容主要分为三个部分:1.寻生物简介2.单细胞测序及痛点3.寻生物基于E-HPC的大内存实例解决方案 一、寻生物简介寻...

云上高性能计算助力基因测序:寻生物案例分享

基因测序的业务流程主要包括样本上机(测序仪)、测序文件生成、基因序列比对及结果分析(计算机),并将结果数据及报告交付至各科研医疗机构。其中,基因序列比对及分析环节极为耗时,涉及大量的生信领域专业软件,计算资源的算力性能及...

节省60%费用!巧用阿里云归档存储降低基因测序成本

我的工作是做生物基因测序的,我们公司很早就在云上搭建了数据分析平台(云的优势不多说了,省心省钱),数据通过采集设备生成后,会立即上传到云端进行预订的测序分析。当然了,考虑到算法更新,这些数据都是保存在云端的,有了新的分析...

基于阿里云混合云架构的华大基因的BGIOnline,让基因...

21小时47分12秒,这组数据被定格为了千人全基因测序的“中国速度”。4月20日,来自“华大基因”的公号发出了一则消息:“华大基因、阿里云和安徽医科大学在深圳、杭州、合肥共同宣布,基于华大基因开发的新一代基因...

圣庭医疗联合创始人谷红仓:高通量基因测序在药物研发...

带来了题为《高通量基因测序在药物研发和靶向治疗中的应用》&xff0c;以下是他的演讲内容整理&xff0c;供大家阅览&xff1a;杭州圣庭医疗联合创始人&首席科学家 谷红仓博士01 高通量测序技术&xff08;NGS&xff09;背景介绍...

biostar handbook(五)|序列从何而来和质量控制

高通量测序之所以能够能够达到如此高的通量的原因就是他把原来几十M,几百M,甚至几个G的基因组通过物理或化学的方式打算成几百bp的短序列,然后同时测序。因为测序过程是边合成边测序(SBS),所以在建库的时候,短...

使用RNA-seq数据通过网络熵评估肿瘤内异质性

基于同样的原理,从大量肿瘤测序基因组景观推断亚克隆是一种广泛使用的策略。计算方法,如PyClone和EXPANDS,是目前最先进的工具,使用突变信息推断亚克隆种群。推断ITH的临床相关性也与预后结果有关。尽管基于...

MaxCompute分布式计算如何提升基因大数据处理速率?

什么是基因测序 如何获得细胞里面的数据?获得基因数据需要有一定的专用仪器,通过物理或者化学的相应方法,把处于细胞中的相应数据读取出来、数字化,我们才能对其进行相应的解读。基因数据 为什么基因数据的数据量...

Hi-C背景了解

Hi-C也可用于验证癌症基因组中的染色体易位重要的是要认识到,HGP基因组组合的高质量不仅仅取决于Sanger测序读取的长度和准确性。Hi-C and related protocols use proximity ligation and massively parallel ...

DNA条形码技术如何预防食物中毒爆发

DNA测序技术的原理虽然深奥,操作起来却极为容易,高中生即可胜任。随着这项技术越来越便宜,使用的仪器越来越小,很可能不久的将来每个人在自己的手机上就能进行DNA测序了。原文发布时间为:2015-03-26 本文来自...

简化基因组的测序方法

(Y型接头的工作原理) 最后仅有同时含P1和P2接头的片段能够上机测序。RAD-seq protocol Genotyping-by-Sequencing GBS比原始的RAD-seq步骤更加简单 将不同样本和含不同barcode接头成对放在平板里 使用ApeKI限制酶进行...

程京院士专访:中国的“精准医疗”需要有自己的思考

今年年初到现在,国家层面对高通量基因测序临床试点的审批结果传来阵阵喜讯,与此同时,中国针对“精准医疗”将要采取的态度和举措也在网上吵得沸沸扬扬。为此,测序中国编辑专门采访了中国工程院院士、清华大学生物...

如何利用大数据做遗传病智能化诊断?...

如今,随着基因测序成本的大幅下降,随之而来的是基因大数据的出现,在这种形势下,基于基因型和表型的关系,建立辅助诊断系统和临床知识库看起来是一条容易且有效的路径。那么,具体搭建过程是怎样的呢?会遇到什么...
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